新冠病毒已突变，演化出2个亚型，影响到底有多大？

十三 发自 凹非寺
量子位 报道 | 公众号 QbitAI

新冠病毒突变了，演化出了2个亚型。

这项研究对103个新冠病毒全基因组分子(目前为止最大规模)进化了分析，发现病毒株已发生了149个突变点，而且多数是近期产生。

研究还指出，新冠病毒已经演化出L和S两个亚型。从占比上来看，L亚型更为普遍达到70%，S亚型占30%。其中，L亚型可能更具侵略性传染力。

这项研究一时间成为了大家关注的焦点，直冲知乎热榜第三，热度达到了2966万。

这项来自中国科研团队，3日发表于《国家科学评论》(National Science Review)。

△《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》

那么，这到底是是怎么一回事？是否会让疫情变得更加严重呢？

病毒演化出2个亚型，L亚型可能传染力更强

这项研究共选取了103个病毒基因组序列，来源为GISAID和GenBank等。

在进一步分析了这些病毒基因组后，共发现149个突变位点，其中包括43个同义突变(synonymous mutation)和83个错义突变(nonsynonymous mutation)。

△103种SARS-CoV-2病毒衍生突变的频谱

研究发现70%的病毒序列具有7个相同的正义突变，外加1个相同的错义突变(L84S)，从而影响了病毒6个蛋白质的功能。

研究将这70%具有这些突变的病毒分类成为了SARS-CoV-2的L亚型 (L来源于错义突变L84S)；而S84L的则被称为S亚型。

而后研究分析认为两个亚型没有发生自然界的循环重组；SNP分析进一步确认了这种谱系分类，72个病毒序列为T28144，即编码L；29个病毒序列为C28144，即编码S。L型是T碱基(对应亮氨酸，Leu)，S型是C碱基(对应丝氨酸，Ser)。

为了进一步研究L型和S型菌株之间的关系，研究人员根据103种SARS-CoV-2病毒的全基因组序列重建了它们的进化树 ( phylogenetic tree)。

△103个SARS-CoV-2基因组的进化树

这项分析，更进一步确证了这两种亚型的差异。

在SARS-CoV家族中，其它较早病毒的序列均为S84L。因此，研究认为目前在流行的L亚型是S亚型进化而来的，S亚型实际上是L亚型的“祖先”。

还有一个比较有意思的发现是，两种类型的病毒在时间和空间上存在着差异。

在武汉的27个病毒序列中，26个为L亚型，只有1个为S亚型。而在武汉以外的73个病毒序列中(33个国内，40个国外)，45个为L型，28个为S型。

△两种类型的SARS-CoV-2在时间和空间分布上存在差异

另外，1月7日之前，L亚型占绝大多数。但测序时间不是真正的感染时间，因此无法推测其时序。

L亚型在武汉爆发的早期阶段更为普遍，而L亚型的发生频率在2020年1月初后有所下降。

作者认为，人为干预可能对L亚型施加了更大的选择性压力，如果没有这些干预，L亚型可能更具侵略性和扩散得更快速。

总体而言，这项研究通过103个SARS-CoV-2的基因组分析，首次系统阐述了病毒在人群传播过程中的演化动态。

突变将病毒分为L型和S型，且在病毒爆发早期以L型为主导，进行人为干预如医疗和隔离措施的加强后，选择压力的变化使从L型为主导变为S型主导。

这一持续发展中的类型可能需要医疗机构的重点关注。

病毒突变有何影响？

那么，病毒突变了，会不会让疫情变得更加严重呢？

知乎网友“冷哲”对此做了评论，他认为：

病毒自然突变是不可避免的，现在突变的很少，而且没有重组发生，没有对疫情有影响，疫情也没有变严重，同时目前的突变还不太会影响到现有疫苗的开发工作。

同时这是个回顾性研究，病毒早就突变了，不是刚突变的。

虽然病毒自然进化出了传染力和毒性更强的类型，但是在人工干预的情况下这些毒性强的病毒反而优先被控制住了，所以现在传播的更多的是毒性弱的种类。

也有网友认为，这项研究是一个描述性分析，也就是这个推论完全建立在观察，而非毒理分析。

研究的重心在于病毒的起源，比较有用的信息点在于“病毒发生了变异”、“有2个亚型”、“时间和空间上存在差异”。

至于其他的推论，还需要进一步分析。

知名健康博主、医学博士“子陵在听歌”也表达了类似的观点，他认为：

需要强调的是，这只是个生物信息学研究，不是实验室研究，结论有主观性。

这种分析我们应用一些软件如MUSCLE等可以自己完成。

研究团队介绍

△陆剑

陆剑，北京大学生命科学学院研究员，博士生导师。

主要研究方向包括非编码RNA的起源、进化、以及驱动新非编码RNA基因进化的机理；转录水平调控相关的功能基因组学研究等。

△崔杰

崔杰，中国科学院上海巴斯德研究所研究员，中科院百人计划，博士生导师，病原生物信息学研究组组长。

研究方向重点关注病原的发生、病原与宿主共进化；基于组学的癌症大数据分析、癌症基因组学；以及基于生物信息学的病原关联性分析。

One More Thing

虽说此次研究只是一种推论性成果，但近期又一件比较重大的消息传出。

香港的一只狗狗确诊感染新冠病毒，是全球首例！

其主人是一名新冠肺炎确诊者，狗狗早前经香港渔农自然护理署两次病毒测试，发现其口腔及鼻腔样本呈弱阳性反应。

而就在昨日，香港渔护署表示，有关结果显示这只狗已经低程度感染病毒，成为世界首例。

虽然说现在大趋势上，我国疫情有缓和的迹象，但是我们不能掉以轻心，“防疫之心”决不能松懈！

传送门

论文地址：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463

参考链接：

https://www.zhihu.com/question/376680418

https://www.weibo.com/529645621?profile_ftype=1&is_all=1#1583375175321

http://sourcedb.shanghaipasteur.cas.cn/zw/kydw/yjzz/201903/t20190325_5261286.html

http://www.bio.lb.pku.edu.cn/teacher_dis_oa.php?cid=146&teaid=46